控制科学与工程系有近四十年办学历史，在国内控制学科和系统工程学科享有较高声誉。2007年控制科学与工程一级学科被教育部认定为国家一级重点学科，控制科学与工程学科在教育部一级学科2006年评估中名列全国第五。设有4个工学博士、硕士点（控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、系统工程、模式识别与智能系统），1个理学博士点、硕士点（系统分析与集成），设有控制科学与工程博士后流动站；设有自动化、测控技术与仪器和物流系统工程等3个本科专业；设有控制工程、物流工程、项目管理等专业学位硕士专业。设有七个研究所和一个研究中心：系统工程研究所、智能与控制工程研究所、自动化研究所、控制与信息技术研究所、测控技术与系统研究所、控制理论研究所、系统科学研究所、非线性与复杂系统研究中心。科学研究工作主要涉及复杂系统控制理论，决策分析与决策支持，电力电子与运动控制，控制与智能机器人，计算机集成控制与网络技术，信息检测与识别，飞行器控制与状态监测，生物信息处理，神经接口与康复技术，物流自动化与物流系统信息化，国民经济动员与公共安全等方向。设有图像信息处理与智能控制教育部重点实验室、国家国民经济动员仿真演练研究中心等基地。全系现有在岗教职工104人,其中教授34人（博士生导师28人），副教授38人,国家“千人计划”教授1人，长江学者特聘教授1人，国家杰出青年基金获得者2人，国家千百万人才工程第一层次入选者1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者6人。截至2011年11月，本系在校学生共计2049人，其中本科在校生1335人，硕士在校生494人，博士在校生220人。

本系自动化专业连续多年被中国管理科学院评为A++本科专业，全国排名第二。2007年被评为湖北省品牌专业建设单位，2008年被评为国家教育部第三批特色专业建设点单位。2010年，创办了自动化理工交叉创新实验班，纳入启明学院管理，由本系承担管理职能。创新实验班探索具有深厚基础的工程研究创新人才培养模式，遵循通识教育模式，以“宽厚基础，理工交叉”的思想和“宽口径，跨行业”理念设置课程体系。积极开展国际合作办学，与美国亚利桑那州立大学等学校建立合作办学关系，本科生设立“3+2”校级交流项目。

本系毕业的博士、硕士和本科生，知识面广、基础扎实、思维活跃、倍受用人单位的欢迎。由于控制学科在发展中具有与多学科交叉的特点，控制科学与工程系的学生适应性强，适合于到高科技公司、科研院所、设计单位、大专院校、金融系统、通信系统、税务、外贸、工商、铁路、民航、海关、工矿企业及各个政府和科技部门工作，可从事诸如自动化管理、系统决策与规划、数字控制、过程控制、电机及拖动系统控制和计算机系统软硬件的开发、设计、应用、维护等工作。